Нацисты вели активную пропагандистскую деятельность среди мусульман СССР. В оккупированном Крыму они покровительствовали исламу, в том числе разрешив открытие мечетей (по некоторым данным, их было открыто около 40). Деятельность среди мусульман на оккупированной территории СССР возглавил бывший Великий муфтий Иерусалима Х.М.А. эль-Хусейни, бежавший в Германию после провала антибританских восстаний в Палестине и Ираке в 1940 г. Муфтий эль-Хусейни принимал активное участие в работе исламской религиозной школы («Муллашуле») при «Туркестанском комитете» — антисоветском коллаборационистском органе, созданном оккупантами в 1942 г., и неоднократно посещал лагеря мусульманских коллаборационистов-легионеров, где выступал с призывами к «священной войне против неверных» (то есть СССР) в союзе с Германией. В коллаборационистский «Туркестанский легион» были направлены 5–6 мулл. В легионе был установлен еженедельный намаз.
Формулирование советской религиозной политики на оккупированной территории страны было обусловлено, в первую очередь, патриотической позицией, которую заняли основные конфессии в СССР. В первый день войны, 22 июня 1941 г., глава РПЦ митр. Сергий (Страгородский) издал патриотическое послание к православным верующим, в котором отметил, что «повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла шведского, Наполеона», призвал вспомнить «святых вождей русского народа… Александра Невского, Димитрия Донского, полагавших свои души за народ и Родину» и благословил народ на «предстоящий всенародный подвиг». С аналогичным посланием к пастве обратился 26 июня 1941 г. митр. Ленинградский Алексий (Симанский). По воспоминаниям очевидцев, эти послания церковных иерархов нашли широкий отклик среди священнослужителей и верующих. Патриотическая позиция РПЦ была искренней. В то же время ее открытое проявление, которое фактически шло вразрез с положением об отделении Церкви от государства, было также обусловлено пониманием непрочности ее положения, которое могло еще более пошатнуться в условиях катастрофического начала войны. Приближение германских войск увеличивало опасность репрессий в отношении иерархов, особенно ввиду того, что экзарх Прибалтики митр. Сергий (Воскресенский) встал на путь сотрудничества с оккупантами. С целью еще четче обозначить патриотическую позицию РПЦ, 14 октября 1941 г. Патриарший Местоблюститель издал послание с резким осуждением в адрес коллаборационистов из числа священнослужителей, оставшихся на оккупированной территории.
Председатель Центрального духовного управления мусульман РСФСР, уфимский муфтий Г.З. Расулев с начала войны возглавил исламское движение в поддержку военных усилий СССР. 18 июля 1941 г. он обратился с воззванием к мусульманам Советского Союза, призывая их «подняться на защиту… родной земли, молиться в мечетях о победе Красной Армии и благословить своих сыновей, сражающихся за правое дело». Затем последовали еще два воззвания, в которых звучал призыв «во имя ислама встать на защиту мусульман и народов России, их мирной жизни и религии». Патриотическую позицию также твердо заняли Русская Православная Старообрядческая Церковь (РПСЦ), «Обновленческая церковь», Грузинская Православная Церковь (ГПЦ), Армянская Апостольская Церковь (ААЦ) и иудейское духовенство.
Патриотическая позиция традиционных конфессий и необходимость мобилизации верующих на защиту страны подвигли руководство СССР на изменение религиозной политики. В стране была существенно приглушена антирелигиозная деятельность — были закрыты некоторые антирелигиозные музеи, прекращен выпуск антирелигиозных изданий, фактически перестал функционировать «Союз воинствующих безбожников» (СВБ). До прекращения своей деятельности СВБ резко перестроил свою работу с антирелигиозной пропаганды на разоблачение преследования нацистами верующих. В антирелигиозных изданиях было объявлено, что, в отличие от нацистской Германии, «советская власть обеспечила верующим полную возможность свободно отправлять религиозный культ»